主后431年以弗所会议,第三次确认《尼西亚信经》为正统信仰,宣告基督的神人二性不可分割,将伯拉纠主义定为异端。当时教会出现强烈的敬拜马利亚的趋势,君士坦丁堡主教聂斯脱里反对把马利亚当作上帝之母来敬拜,结果被定为异端,但他并非认为基督的神人二性是分开的。安提阿教区中聂斯脱里的支持者离开罗马帝国,被罗马帝国的敌人波斯帝国收容,主后498年正式形成东方亚述教会(Assyrian Church of the East),传到中国,成为唐朝的景教和元朝的也里可温教。1994年东方亚述教会和天主教会和解。
主后451年迦克墩会议,第四次确认《尼西亚信经》为正统信仰,并通过《迦克墩信经》,宣告基督的神人二性「不相混乱,不相交换,不能分开,不能离散」,将犹提干的「基督一性论 Monophysite」定为异端。亚历山大教区中的许多教会继续信奉基督一性论,只承认前三次大公会议的教义。他们自称为东方正统教会(Oriental Orthodoxy),包括今天的亚美尼亚宗徒教会(Armenian Apostolic Church)、叙利亚安提阿正统教会(Syriac Orthodox Church of Antioch )、科普特亚历山大正统教会(Coptic Orthodox Church of Alexandria)、埃塞俄比亚正统台瓦西多教会(Ethiopian Orthodox Tewahedo Church)、印度玛兰卡正统叙利亚教会(Indian Malankara Orthodox Syrian Church)等等。
主后410年,西哥特人攻陷罗马城。主后430年,奥古斯丁去世,汪达尔人攻陷了迦太基。主后434-453年,「上帝之鞭 Scourge of God」阿提拉率领匈人大举入侵东、西罗马帝国。主后455年,汪达尔人再度洗劫罗马城。主后476年,西罗马帝国灭亡,西方教会独立于政权。
杰出的教父:
亚历山大的亚他那修(Athanasius of Alexandria,主后296年-373年):担任亚历山大主教,反对亚流派,被流放五次。主后367年最早明确列出新约27卷为圣经正典。
迦帕多家三杰(Cappadocian Fathers):该撒利亚的巴西流(Basil of Caesarea,主后330-379年)、拿先斯的贵格利(Gregory of Nazianzus,主后330-389年)、尼撒的贵格利(Gregory of Nyssa,主后335-395年),担任中亚细亚迦帕多家地区主教,三人继亚他那修之后,合力捍卫三位一体的尼西亚教义。
拉丁教父奥古斯丁(Augustine of Hippo,主后354-430年):著书立说,对外驳斥异教哲学、对内抵挡异端,总结了三位一体的教义。奥古斯丁认为爱心比圣洁重要,宁愿错在爱心太大、而不是错在过分圣洁,但却主张用武力管教异端。他认为对罪恶讲得深入,对恩典才能讲得透彻。他放弃用哲学解释罪,而是回到圣经。传世之作:《忏悔录》、《上帝之城》。