一九四三年三月以后，尚节病情逐渐恶化。当时日本人认为基督教与英美等国有密切关系，所以对基督徒采取怀疑和敌视的态度。东南亚各地的教会在沦陷后，都受到不同程度的摧残。那时，北京协和医院已经被日军占领，专供日军高级军官使用，尚节只好赴天津医治。三月二十七日，尚节去天津天和医院接受第五次手术，住院三个月后，才回到北京，在王明道家里小住一夜。从此以后，他再也没有体力带领聚会了，只能与到访者谈道，并请来看望的弟兄姊妹给自己读经、唱诗。
一九四四年五月二日，尚节的病情再次加剧，进入北京德国医院，五月六日动第六次手术。王明道前去看望，德籍的姊妹也运用最大的爱心，谨慎看护。七月一日，尚节出院回到香山。这时他气息微弱、创痛时作，但仍然不断祷告。他这时给国内外教会的信息是：「今后所能做的工作，将只有祈祷了。」这句话，后来成为南洋的中国基督徒在不能布道、不能活动时的口号。
在最后这段痛苦的日子里，尚节经历了巨大的属灵争战，他在日记中记录如下：
- 六月二十四日：晚上伤口疼痛，难以入眠，看表已十点半。闭眼祷告时，感到有物从自己身上出去，自脚而上；继续祷告，感到灵在头上；再一会儿，灵飞出去与体分开；那时一切伤痛全消失如正常人一样，十分舒服。我感到自己的灵飞到主宝座前，如同小孩一样，主亲自吻我。我心里快乐地说：「这真是灵交！」天使也在那里，主亲自抚摸我的伤口。我唱《耶稣是全世界于我》歌。清醒后，看表是一点，灵回到肉身中，又觉得疼痛，翻来覆去不能睡。
- 七月一日：下午二点半离开德国医院，返回香山，在此期间我曾灰心，因太痛苦。
- 七月二十五日：自己翻身几次，伤口如被火烧一样，痛得很，求神叫我早回天家。
- 七月二十八日：我向神求凭据，祂是否还爱我。锦华无力帮助我翻身，需一男人来帮助，李伯衡大夫来看我的伤口，说需用麻醉药止痛。
- 七月三十日：我在神面前认罪，感到自己没有一点力气。
- 七月三十一日：将鸦片酒送还邓悦兰大夫。今天的痛苦并试炼是空前的，这样下去，我真有点吃不消了。
- 八月一日：发高烧到四十多度，全身发抖。北平郑如岗牧师带一位郑先生专帮助我翻身。
- 八月十日：只有唱诗能叫我睡觉。
- 八月十一日：现在我不能拿东西，我心有些失望，求神给我开条出路。
八月十六日拂晓，尚节病势转危，对宋师母说：「神指示我，我就要回去了。」当夜昏迷，次日恢复清醒，从此转入喜乐与平安，并且吩咐后事：长女天婴长大后赴东北传道，次女天真赴南洋传道，三女天权在全国作自由传道。宋师母曾经写过一篇感恩记，数算主的恩典、综合周围肢体的回忆，记录了以下内容：
「一九四四年七月一日，主仆人从北平德国医院动最后一次手术后返回香山，病情恶化，肠结核的痔疮伤口大如拳头，伤口之深一尺左右，疼痛不能翻身。病中许多爱主的医生、护士来服事照顾。他对宋师母说：『我的肉身朽烂了、臭了，但是嘴不烂不臭，还能向神祷告。』真是一面流泪，一面流脓流血地祷告。他嘱咐宋师母：『不要为我买好棺材，竖立大墓碑，让人纪念，也不要做衣服，这个臭肉体用土埋葬就算了！我盼望主再来时复活被提。狐狸有洞，飞鸟有窝，人子没有枕首的地方。主的大仆人摩西死后，主为他埋葬、隐藏起来，没有人知道他的坟墓。如果你和三个孩子要知道我葬在哪里，就用一块小小的石头，写着主的小仆人宋某某好了。』
「八月十六日早上，主仆人手脚都肿起来，下午对同工们说：『你们不要以为我的病能好，我在祷告中，神已指示我要离开世界。』十六日半夜腹泻不止，全身出汗。十七日早上，他昏迷过去，宋师母立时通知大家，未几一一赶到，环绕床前，迫切流泪祷告。约七点时，他突然苏醒过来，第一句话是『信心又回来了。』又用微小声音唱了三首诗，第一首是『有一地比日中更光彩』，第二首是『十字架，十字架，永是我的荣耀』，第三首是『耶稣是全世界于我』弟兄姊妹的心灵同被振奋，一齐唱诗、祷告。他对全体查经处的弟兄姊妹说：『第一，你们来山上要有个目的，独自朝见神。第二，要多多祷告，今后的工作是祷告的工作。第三，上山退修的人，最多半年，必须下山工作，在山上太久不好。我还有好多话要说，只因脚痛得厉害，没有力量说出来。现在你们可以回去，现在我认识大家了。』」
这天，尚节安静休息、满面笑容，说话声音格外柔和。当晚，外面下着小雨，室内只有小煤油灯一盏。宋师母知道尚节病情严重，不敢离开。到了深夜，尚节看宋师母太累了，不忍心叫她自己陪着，就催宋师母快去睡觉。宋师母刚要入睡，忽然听见有声音，起来见他两手合掌在敬拜主，断断续续地用微弱的声音祷告，宋师母跪在他床边，向主流泪祷告：「主啊！祢要接祢的仆人，不要在黑夜，因为弟兄姊妹都睡了，希望白天接他去。」尚节问宋师母：「现在几点钟？」宋师母说：「已经一点半了。」他说：「现在才一点半，我怎能等到五点钟呢？不要怕，主耶稣在门口，有什么可怕呢？」这时室外很黑，但尚节满脸发出亮光。宋师母见到这奇异的亮光，心灵得到极大的安慰。
到了早晨，尚节的脉搏微弱，七点七分安然被主接去，脸上显出笑容。在世寄居四十载的宋约翰，终于安返天家、息劳主怀了！
那时，石天民先生从香山托人带了一封信给王明道，说宋先生病重，如要看他，还是早去为佳。王明道十六日晚上接到此信，本来打算十七日就去，但却因事延误了一天。八月十八日早晨，王先生骑脚踏车四十里去香山，过午才到，到了才知尚节已于黎明逝世。围绕在他身边的有宋师母和天婴、天真、天权三个女儿，还有亲友、医生、看护等人。他们请王明道主领入殓聚会，王明道讲了《启示录》第十四章十三节：「我听见从天上有声音说：『你要写下，从今以后，在主里面而死的人有福了。』圣灵说：『是的，他们息了自己的劳苦，作工的果效也随着他们。』」
八月二十二日举行安葬礼拜。由于香山当时只有一个能容五、六十人的小福音堂，所以在香山南营五十一号的院子里临时搭了一个能容二、三百人的棚子。北平、天津不少教会都有信徒赶来参加安葬礼拜。王明道先生在会上讲了《耶利米书》第一章十八、十九节：「看哪！我今日使你成为坚城、铁柱、铜墙，与全地和犹大的君王、首领、祭司、并地上的众民反对。他们要攻击你，却不能胜你，因为我与你同在，要拯救你，这是耶和华说的。」
会后，由查经处唱诗班前行，各地布道团员扶棺柩而出，家属跟随其后。各地代表、来宾列队而行，一路高唱奋兴短歌，直到墓地。墓地就是尚节生前常爱坐在那里读经灵修的高墩，在香山旅店旁边，离今天香山公共汽车终点站十分近。这墓地由毕业于燕京大学外文系的张彼得弟兄购赠，他因肺病在香山留养，颇有意到国外布道，尚节到了香山以后，两人经常交通。此时，他也在送行之列，一路行、一路唱：
劳苦工程已完毕，凶猛战争已经历；
行人已渡世风波，身登彼岸享安息。
父啊，敬将安睡仆人，奉交我父慈爱保存。
到彼啼痕皆消失，到彼疑难多明白；
一生工作究如何？主为裁判公且直。
父啊，敬将安睡仆人，奉交我父慈爱保存。
高贵林国语教会 